Berdasarkan ketentuan dan aturan yang berlaku bahwa apabila terdapat Siswa yang mutasi atau pindah ke sekolah lain, maka Siswa yang bersangkutan melaporkan kepada Kepsek sekolah asal untuk mendapatkan Surat Ijin Mutasi/Pindah ke sekolah lain. Kemudian setelah mendapatkan surat tersebut siswa yang bersangkutan menyerahkan Surat Ijin Mutasi/Pindah dari kepala sekolah asal kepada petugas Disdik setempat dan menyerahkannya kepada operator NISN, dari surat tersebut operator dapat memasukkan data tersebut ke site NISN. Adapun syarat dan kelengkapan untuk mutasi datang diantaranya :
1. Foto Copy IJAZA;
2. Foto Copy SKHUN;
2. Foto Copy SKHUN;
2. Buku Laporan Pendidikan yang bersangkutan lengkap;
3. Surat Keterangan Pindah sekolah asal;
4. Surat permohonan Orang Tua/Wali Murid;
5. Surat Rekomendasi (pindah antar kabupaten/provinsi) dari Disdik untuk SMP, dan rekomendasi dari Departemen Agama untuk MTs
Setelah kelengkapan/persyaratan terpenuhi kemudian Staf TU melaporkannya ke Disdik setempat untuk disetujui Kepala Dinas Pendidikan setempat.
Setelah kelengkapan/persyaratan terpenuhi kemudian Staf TU melaporkannya ke Disdik setempat untuk disetujui Kepala Dinas Pendidikan setempat.